2010.01.5.
1.
Informatika és internet
|
Gutenberg
óta a legfontosabb és
legmegbízhatóbb
információhordozó
a papír. Tudományos folyóiratok
és
könyvek megszámlálhatatlan
sokasága
bizonyítja ezt a biológia
területén is. A
számítógépek és
az őket
összekötő világháló
megjelenése új korszakot nyitott az
információ
áramlás és -feldolgozás
területén is. Lehetővé vált a
rendszerbe
betáplált adatokhoz való gyors
hozzáférés, legyen bár a
felhasználó és az
információhordozó
akár a világ egymástól
távoli
pontjain.
Folyamatosan jelennek meg friss és
új
információk. Egyre nagyobb és
változó adathalmaz vesz körül
bennünket,
ami azt is jelenti, hogy bizonyos adatállományok,
címek egyik napról a másikra el is
tűnnek.
|
|
Egy
internetoldal
"féléletideje" négy év
körül van,
így érthető, hogy egy internettel
foglalkozó
összeállítás nem lehet
teljesen
naprakész. De éppen a rendszer előnyeit
kihasználva lehetőség van a
frissített
anyagot magán az interneten mindenki
számára
elérhetővé
tenni.
E lapokon felsorolt szoftverekhez,
illetve a különböző bemutatott
szolgáltatások legtöbbjéhez
ingyenesen
hozzáférhetünk a
világháló
segítségével. E
jegyzetben felvázolt alapismeretek birtokában
mindenki
képes lesz önálló
további
tanulásra és a saját
érdeklődési
körének megfelelő mélyebb ismeretek
megszerzésére.
|
1.1.
Az
informatika fejlődése
Egyes
elemzések szerint a publikált
információ mennyisége 1880
és 1930
között 50 év alatt
duplázódott meg, majd
ezt követően 1960-ra (30 év), illetve 1970-re (10
év) nőtt a négy illetve
nyolcszorosára.
Napjainkban kevesebb mint 18 hónap alatt
kétszereződik
meg a tárolt információ.
Az
információ tárolás
és
feldolgozás a
számítógépek
fejlesztésének köszönhetően
szintén nagy
léptekben fejlődik. Jól
érzékelhető ez az
információ tároló
eszközök
kapacitásának, az adatátvitel
sebességének, vagy a processzorok
teljesítményének
növekedésében.
Gordon Moore, az Intel egyik alapítója
feltételezte, hogy a tranzisztorok száma a
félvezető chipen 18 hónaponta fog
megkétszereződni a technika
fejlődésének köszönhetően. Az
elmúlt
több mint 40 évben ez a jóslat
valósnak
bizonyult (1.1.
ábra) Ma reálisnak
tűnik a
hasonló
ütemű növekedés a következő 20
évben is.
Így 2012-re 100 millió tranzisztor és
10 GHz
lehetnek a jellegzetes paraméterei egy chipnek.
|
|

1.1.
ábra: Az Intel
processzorok fejlődése, tranzisztor
tartalom millió processzorban kifejezve.
Az Intel4004
processzor
még csak 2300 tranzisztort tartalmazott, a Pentium II
7,5
milliót, a Pentium IV több mint 40
milliót.
|
1.2.
Elektronikus levelezés
Az
e-mail (elektronikus
levél , e-levél, drótposta) a
legkedveltebb
elektronikus kommunikációs
eszközzé
vált az elmúlt 10 évben.
Népszerűsége annak köszönhető,
hogy
kényelmessé és
rendkívül
gyorssá tette a levelezést. Míg egy
hagyományos levél két hétig
is
vándorolhat Magyarországról
Japánba vagy az
Egyesült Államokba — és a
meglehetősen drága
gyorsposta kézbesítése is napokba
telik —, addig
az e-mail gyakorlatilag az elküldést
követően azonnal
megérkezik a címzetthez, olcsó
és a rendszer lehetővé teszi, hogy egyetlen nap
alatt
akár tucatnyi üzenetet is váltsanak az
egymástól sok ezer kilométerre
lévő
partnerek.
A kommunikációt tovább
könnyíti, hogy
az e-mail lehetőséget nyújt körlevelek
küldésére, a beérkezett
üzenetek
osztályozására, a címek
elektromos
tárolására,
csoportosítására.
A rövid üzenetek mellett — csatolt
dokumentumként
(attachment) — a különböző
számítógépes programokkal
készített rajzokat, képeket,
formattált
szövegeket is
továbbítani lehet, a
megfelelő
|
|
átalakítás
(kódolás) után.
Ezt ma már sok levelezőprogram automatikusan
elvégzi,
még kényelmesebbé téve az
üzenetváltást.
Természetesen az e-mail is elveszhet
útközben, de
célba
érésének
igazolására szintén
van
mód. Egyetlen komoly hátránya, hogy
könnyen
juthat
avatatlan kezekbe, könnyen elolvashatják
mások is,
de
a legtöbb esetben ez nem jelent lényeges
veszélyt
egy
egyetemi, kutatóintézeti
környezetben.
Az e-mail cím első része tartalmazza a
személy
(szolgáltatás) nevét. Ezek
után
következik az @ (at) jel, a "kukac", melyet a
helycím
(domain name) követ, legvégén az
országra
való utalással.
Ez alól kivételek a .com, .edu,
.org
és .gov
végződések, melyek mind az USA-ra
utalnak.
A jelentősebb kiadók
honlapján
regisztrálva egy ingyenes e-mail
szolgáltatáshoz
is hozzájuthatunk, mely rendszeresen elküldi
számunkra a frissen megjelenő
folyóiratok tartalomjegyzékét
»1.6.
|
1.3.
FTP,
fájlok másolása
Az
e-mail
kiváló lehetőség az üzenetek
továbbítására, de a
különböző
fájlok küldésénél
megvannak a
korlátai. Megabyte nagyságrendű dokumentumok
továbbítása már
problémákat
okozhat. Ha a küldés
sikerül is, nagy az esélye annak, hogy a
továbbító
szerverek vagy a fogadó
számítógép
nem
tudja a túl nagy fájlt megfelelően kezelni.
Természetesen a fejlődés ezeket a
határokat is
kitolja. Tíz évvel ezelőtt még 100
— 200 KB volt a
javasolt maximális méret.
Van egy egyszerűbb és sokkal
hatásosabb
módszer a dokumentumok
továbbítására. Ez az
ún. FTP (file
transfer protocol =
fájlküldési
eljárás). Az FTP használatakor a
fogadó
és a küldő
számítógép
között direkt kapcsolat létesül,
és ez
végig fennáll a küldés ideje
alatt. A
kapcsolat létrehozásához
általában
szükséges, hogy a
felhasználónak
bejelentkezési joga (username, password) legyen az
adatátvitelben részt vevő mindkét
egységen.
Ennek a szigorú feltételnek a
feloldására
vezették be az anonim FTP lehetőségét,
melynél a felhasználó a
bejelentkezéskor
névként (username) az anonymous szót
adja meg
és kulcsszóként (password) —
ha kérik — a
saját e-mail címét gépeli
be.
|
|
A sikeres
bejelentkezés után
lehetőség van a
távoli
számítógép
nyilvánossá tett részén
(public domain)
ugyanúgy "mozogni" a látható
alkönyvtárak között, mint a
saját
gépünkön, és
"letölthetünk"
(transfer) bármely dokumentumot, programot, melyre
szükségünk van.
Az egér
segítségével
végezhetjük el a megfelelő műveleteket, ha
"böngészőprogramok" ( » 1.4.
)
révén teremtettük meg a kapcsolatot vagy
gépünkön olyan FTP-program fut, amely
grafikus
felhasználói környezetet ( graphical
user interface,
GUI ) biztosít. A böngésző
programok használata esetén a cím
mindíg az ftp://
karaktersorral kezdődik, ami
azt jelzi, hogy FTP-hellyel
kívánunk kapcsolatot
létesíteni. A xxx nincs.
táblázat külön
tartalmazza néhány fontosabb FTP-hely
címét, de a többi
táblázatban megadott
címek alatt is találhatók
letölthető
programok, dokumentumok.
Ha nincs
lehetőségünk a GUI
használatára, akkor a
kapcsolat megteremtése, megszüntetése
és a
fájlok másolása parancsszavak
segítségével
irányítható.
Ezek használatát későbbi fejezetek
ismertetik
» 3.1.
FTP-program; 3.4. ftp
.
|
1.4.
A
World Wide Web
A legfejlettebb
internet eszköz, a WWW (World Wide Web vagy
világháló)
már nemcsak szöveges dokumentumokat
közvetít,
hanem képet, zenét és videofilmet is.
Az un.
böngésző-
(browser) programok használatakor (Netscape Navigator,
Internet
Explorer, AOL) az egér
segítségével
speciális szövegrészekre, gombokra,
képekre
(link, ugrópont)
kattintva haladhatunk tovább a bennünket
érdeklő
információt tartalmazó oldalak
felé.
Olvashatunk folyóiratokat, nézhetünk
képeket,
vásárolhatunk, ellenôrizhetjük
a
bankszámlánkat, részt
vehetünk tanfolyamokon.
A lehetőségek a biológia
területén belül
is rohamosan bővülnek és — amint
látni fogjuk a
következő
fejezetekben — jelentős eszközöket adnak a
kutatók,
oktatók,
a tanulni vágyók kezébe. Ma
már
megszámlálhatatlan
honlap létezik, melyekre példákat az 1.táblázat
tartalmaz. Minden
jelentős kutatóintézet, egyetem,
múzeum
folyamatosan frissített oldalakkal segíti
a jobb és gyorsabb
tájékozódást. Az
információbőség
hátránya, hogy
sokszor nehéz a bennünket érdeklő
oldalakat,
helyeket
megtalálni. Ráadásul
eltévedhetünk
"szörfölés"
közben, hiszen egy egyszerû kattintás
után
sokszor
a Föld ellentétes oldalán
lévő
szervernél
találjuk magunkat. A hálózat
túlterheltsége és saját
böngészőprogramunk esetleges
elavultsága szintén sokszor jelentkező
hátrány,
mivel hosszú perceket vehet igénybe a
bonyolultabb
felépítésű
oldalak megjelenése.
|
|
A
honlapokon belül
és azok között a
navigálást a
“hiperlinkek” teszik roppant egyszerűvé.
A pontos címeket
nem kell ismernünk, ezeket az oldal
készítői
“programozzák” bele a szövegbe.
Természetesen a
böngészőprogramok címmezőjébe
direkt is
beírhatjuk az elérni kívánt
helyet. Ezeket
a címeket hívják URL-nek (uniform resource
locator). A böngészőprogramok nemcsak
web-helyeket,
hanem
FTP- és gopher-helyeket is képesek kezelni.
Ezért
a cím első fele mindíg a hely
fajtáját adja
meg ( ftp:// vagy gopher: //
vagy http:// ) A http://
a web címben a
"hypertext transfer
protocol"
elnevezésből ered.
Tehát
különböző
böngészőprogramokat használunk a
web-helyek
oldalainak megtekintésére. Ezek a programok
értelmezik azt a kódot, amellyel a web-oldalak
íródtak (hypertext
markup language vagy HTML) és
a megfelelő formában jelenítik meg azokat,
függetlenül attól, hogy PC, Macintosh vagy
UNIX
rendszert használunk.
A két legnépszerűbb
böngészőprogram
a Netscape Navigator és az Internet Explorer. A
legfejlettebb
változatok már több
felhasználó
levelezését, internet
címlistáját
(bookmarks vagy favorites)
és beállításait
képesek
külön
kezelni, valamint kiegészülnek egy honlap
szerkesztésére alkalmas programmal is. Ilyen a Netscape
Composer vagy a Microsoft
FrontPage, melyek használata nagyon
hasonló egy
szövegszerkesztő programéhoz. Kis
gyakorlás
után bárki képes vele egyszerűbb
honlapokat
készíteni, nem kell ismernie a HTML
szabályait.
|
1.5.
Keresôprogramok
Ha
egyáltalán nem tudjuk, hogy hol
található a
számunkra érdekes
információ, akkor
használhatjuk a különböző kereső
vagy
böngésző honlapokat,
melyeken kulcsszavak megadásával, illetve
témakörök
kiválasztásával
végezhetjük a keresést.
Témák szerint
kereshetünk virtuális
könyvtárakban is » 1.táblázat .
A
National Library of
Medicine ( NLM ) térítésmentes
szolgáltatása a PubMed,
mely több mint 11
millió
tudományos cikk adatai közötti
keresést tesz
lehetővé, az Internet Grateful Med hasonló
szolgáltatással
együtt. A PubMed rendszeren keresztül
elérhetők
és kereshetők a DNS-, fehérje- és
3D-adatbázisok
is, míg az Internet Grateful Med
hozzáférést
biztosít többek között az AIDS,
bioetikai,
orvostörténeti, toxikológiai, klinikai
és
vegyület-adatbázisokhoz is » 1.táblázat .
Az internet adta
új és
eddig nem látott
lehetőségeinek egyik meggyőző példája
az ENTREZ- (
antré
) rendszer » 2.2.
|
|
Ebben a
rendszerben egyesülnek a DNS- és
fehérjeadatbázisok valamint a szekvenciaadatokhoz
tartozó tudományos
publikációk egy
kulcsszavakkal kereshetô rendszerré, ahol
hivatkozásról DNS- vagy
fehérjeszekvenciákra, rokon
témájú
publikációk tömegére
bukkanhatunk
egyszerű
kattintásokkal. Természetesen a
hatékony
használat előfeltétele itt is — mint
minden más
estben — a
megfelelő teljesítményű hardver és a
nagy
kapacitású hálózat.
|
1.6.
Elektronikus folyóiratok
Ma
már az
internetnek és a webnek meghatározó
szerepe van a
tudományos kommunikációban. E
könyv minden
fejezete bizonyítja ezt. Bár a klasszikus
könyvtár használatának
és a nyomtatott
információnak megvan a maga egyéni
íze
és jelentősége, nem lehet figyelmen
kívül
hagyni
a világháló lehetőségeit.
A jelentős
tudományos
folyóiratoknak
és kiadóiknak már mind megvan a maguk
honlapja. A 2.
táblázatban
néhány
példa látható erre.
A legtöbb folyóirat esetén a tartalom
és az
összefoglaló szabadon megtekinthető, de a teljes
terjedelmű
cikkeket csak előfizetés esetén olvashatjuk el.
Az
elérhető
folyóiratok száma, a
szolgáltatás
minősége
gyorsan változik. Több folyóirat illetve
kiadó
ingyenes e-mail szolgáltatást vezetett be,
és a
regisztráltaknak elküldi a frissen megjelenő
folyóiratok tartalomjegyzékét.
Megjelentek
az első,
csak online
folyóiratok is, melyekbe a publikáció
beküldése
is elektronikusan, az intermeten keresztül
történik.
A közlésre elfogadott
publikációk
bárki
számára ingyenesen
hozzáférhetők,
letölthetők
(BioMed Central, BMC folyóiratok
» 2.
táblázat ).
|
|
Az internet előnye
— a gyorsaság
és a kényelem mellett — hamarosan abban
is megmutatkozik
majd, hogy nagy terjedelmű kiegészítő anyagot
kapcsolhatunk a közleményekhez,
frissíthetjük,
esetleg
utólag kiegészíthetjük a
publikációkat
és hanganyag, videofilm is csatolható
hozzájuk.
Ezek
a lehetőségek egy hagyományos
publikálásnál
aligha állnak rendelkezésre.
Ráadásul a
szövegbe
"linkeket" építve, lényegesen
könnyebbé
válik a hivatkozások,
módszerleírások
elérése. Saját
számítógépünkön
keresztül
sokkal gyorsabban és könnyebben juthatunk a
keresett
információkhoz, mint bármely,
jól
felszerelt
könyvtárban. Sajnos, ennek ára az egyre
több,
monitor
előtt töltött óra.

|
|